La storia è ambientata 2 anni dopo gli avvenimenti di FF X.Yuna conduce una vita tranquilla a Besaid fino a quando Rikku le mostra una Sfera contenente immagini che sembrano raffigurare "lui"...così Yuna decide immediatamente di unirsi ai Gabbiani (gruppo di Cacciasfere cui appartiene Rikku) alla ricerca di altre sfere che riconducano a "lui". Infatti Yuna non ha ancora accettato emotivamente la scomparsa del suo amore...nel suo viaggio incontrerà tante vecchie conoscenza dell'X.La nuova Spira vede 3 grandi nuove organizzazioni:

* La Youth League (Lega della Gioventù )capeggiata da Nooj,ex membro della Milizia;
* NewYevon (NuovoYevon) capeggiato dal Pretore Baralai,il cui passato è avvolto dal mistero;
* Gli Automisti capeggiati da Gippal, Albhed che partecipò all'Operazione Mihen.

La Lega e NewYevon sono perennemente in conflitto in quanto la prima vuole rendere nota la verità sul passato contenuto nelle sfere mentre la seconda vuole nasconderla giustificandosi dicendo che ciò è per il bene della gente. La Lega è sostenuta principalmente da i diffidenti verso Yevon mentre NewYevon è sostenuta dai vecchi sostenitori dell'ordine. Questo "conflitto" influenzerà anche radicalmente alcuni tratti di gioco. Procedendo nel gioco verremo a conoscenza di una nuova minaccia per Spira, Vegnagun, arma creata per la guerra di Bevelle contro Zanarkand ma mai utilizzata perché potenzialmente troppo pericolosa. Infine riscontriamo la storia Lenne-Shuyin,analoga a quella Yuna-Tidus, solo ambientata molti anni prima. Alla fine del gioco, Yuna, Rikku e Paine riusciranno a trovare il giovane Tidus, che era intento a nuotare nelle acque di Besaid (luogo dove fu cresciuta Yuna). Quindi i due gioiscono per il ritrovamento e vengono assistiti dalla gente di Besaid (tra i quali c'erano anche Wakka e Lulu con il loro figlioletto).